西元六世紀中葉，佛教由中國經百濟傳日本，初期的弘揚以聖德太子(五七四－六二二)為最大功臣，他定佛教為國教，並在制定的十七條憲法中規定全民「篤敬三寶」，說明佛教為「四生之終歸，萬國之極宗」，奠定日本佛教的基礎。此後，日本留學僧陸續至中國求法，將中國佛教的思想傳承、宗派教說、修行方法等引進日本，逐漸演變成日本特有的宗派佛教思想。今就日本幾個重要宗派一一簡介如下：
一、南都六宗
奈良時代(六四五－七九四)，佛教主要的宗派有六家，即：三論、法相、成實、俱舍、律宗及華嚴。
三論宗初祖為高麗僧慧灌，於元興寺大弘三論(六二五)，這是日本宗派佛教的開始。其後智藏曾投中國嘉祥門下，道慈亦入中土兼學六宗，分別為二祖、三祖。
其後，法相宗取代三論宗的盛世，人才輩出，與後來的天台、真言宗，鼎足而立。俱舍宗多依於法相宗，初傳在西元六五三年元興寺僧道昭入唐，跟隨玄奘大師習法相教義，回國後，廣弘法相宗義。二傳是在西元六五八年由智通、智達傳入，至玄昉入唐回日本後，法相宗盛行，學僧輩出，以興福寺、元興寺為根本道場。
華嚴宗發軔於西元七三六年，唐代道璿攜華嚴章疏至日本，聖武天皇極推崇華嚴。之後，此宗一度衰落。鎌倉時代，高辨與凝然為復興華嚴的兩位巨匠。高辨融和華嚴與密宗的教學，被尊為嚴密之祖。凝然精通各宗教義，尤為華嚴集大成者，宇多天皇曾從師受菩薩戒，賜封為國師，可謂華嚴中興之祖。德川時代的鳳潭以天台解釋華嚴，識見雄大，為華嚴宗開創新局。
律宗初傳於西元五八八年，僧尼善信等至百濟受戒，回國後，駐錫櫻井寺。天武天皇時，道光奉敕入唐學律，至唐代道叡攜律本赴日，講《行事抄》，戒律思想始為流布，是為第二傳。唐代鑑真大師自華東渡，傳授菩薩戒與三壇大戒，以唐招提寺為本寺，始為日本佛教戒法的確立。律宗曾一度衰微，鎌倉時代，俊疃以京都為中心，提倡北京律，頗受敬重。
二、天台宗
最澄為日本天台宗始祖，曾從中國天台湛然的弟子道邃、行滿受法，返日後，於比叡山融和禪、密、戒、圓，開創四宗融合的總合佛教－－日本天台宗(八○六)。最澄弟子圓仁亦赴唐學天台與密法，至其弟子安然集大成，此時日本天台宗已極度密教化，稱為「台密」。台密系統傳至後世，總計有十三流派，對日本佛教影響頗大。
三、真言宗
真言宗以空海為開祖，因特重念誦真言得名。空海入唐(八○五)，從惠果學密，返日後，不久受賜高野山，乃建金剛峰寺及京都東寺為此宗根本道場，後人稱其所傳密教為「東密」。九世紀時，真言宗開始分裂成派，至室町時代已分枝成七十餘派。
四、禪宗
奈良時期禪風已自大唐傳入日本，先後成立臨濟、曹洞、黃檗三大宗派。
鎌倉時代，榮西入宋求法，得臨濟心印，後來於京都開創建仁寺，融和天台、密、禪三宗開立臨濟宗，受到鎌倉幕府的信任，後人尊為日本禪宗的開山祖師。臨濟流傳至南北朝室町時代，深受幕府大臣尊崇，認為是完成武士人格修養的基本方法，禪的思想遂深入日本人的生活，與茶道、花道、書法、劍道等，水乳交融，自成一格。室町時代後期以夢窗疏石為主的五山派，是當時禪宗的主流派，受足利尊氏庇護，於京都開創天龍寺，有門徒千人，是五山文學最盛期。夢窗、大燈、一休等為大將，五山十剎法脈欣榮，至今臨濟宗有六千餘所寺院。
日本曹洞宗創始人為道元禪師，嘗從榮西弟子明全學禪，後入宋，於天童山曹洞宗如淨禪師門下得法。返日後，創建永平寺，提倡只管打坐，是為「曹洞宗」。一五○七年後，柏原安天皇敕額永平寺為曹洞宗的總本山。一五八九年，由瑩山紹瑾所創的總持寺也被欽定為曹洞宗的總本山。因吸收民間流行的祈禱儀式，積極傳教，曹洞宗因而大盛，成為日本最大宗派之一，有寺院一萬四千七百餘所。
黃檗宗與臨濟、曹洞合稱日本禪門三足，係由明末中國僧人隱元隆琦融和禪淨，成立於江戶時代。此宗以黃檗山萬福寺為道場，歷任住持皆為中國赴日弘化的高僧，近代才由日本僧人住持。萬福寺乃中國式的建築，道場以漢音誦經，法會與修行方式仍保留明代風格。此宗鐵眼道光編《鐵眼版大藏經》，對日本文化有極大的貢獻。
五、淨土宗
平安末期(十二世紀)，社會動盪不安，人民始有嚮往他方淨土的思想產生。空也於民間提倡念佛法門，以稱念佛號為主，淨土乃成為普遍信仰。空也之後，天台宗系的良忍創「融通念佛宗」，為淨土信仰開闢新局。
鎌倉時代，法然依中國善導《觀經疏》，以平安的東山為據點，強調「往生之道，念佛為先」，淨土於焉成立為宗。由於戰亂頻仍，念佛法門簡單易行，於是迅速擴展普及。法然圓寂後，其門下弟子各立其派，其中又衍出一遍上人所創立的「時宗」，風行一時。法然的淨土宗系至今仍為日本佛教最大宗派之一，大小寺院有七千餘所，對日本佛教影響頗大。
六、淨土真宗
淨土真宗，是藉由阿彌陀佛的本願力，期以往生成佛的教說。開祖為親鸞，強調念佛以信心為本，一念決定往生。此宗以無戒無律為宗規，僧俗一同。親鸞本人與相國之女成婚，首開日僧娶妻食肉之風，由於傳教平易，故發展迅速。
本宗至親鸞的曾孫覺如，正式以本願寺為大本山，至室町時代第八世蓮如，教勢蓬勃發展。江戶時代後，分為十派，以東、西本願寺勢力最強。
七、日蓮宗
日蓮宗異於日本傳統佛教，為日蓮所創立。本宗以《法華經•無量壽品》為中心，主張「妙法蓮華經」五字為佛教精髓，凡誦持者，即便是惡人，亦可成佛，又稱「法華宗」。日蓮後，本宗相繼分門立派，至明治時代，在家佛教運動盛行，由日蓮信仰又形成創價學會、立正佼成會、佛所護念會及靈友會等新興宗教。
綜觀日本佛教，教理上多源自中國宗派而發展，然在修行實踐上則趨於易行及通俗化，如真言宗、禪宗、淨土真宗、日蓮宗等之盛行。二十世紀後，日本佛教各大宗派更各自發展法會祝禱、辦學教育、社會慈善、學術研究等，佛教事業欣欣向榮，尤以佛學研究堪稱代表。從另一方面言，日本佛教有在家化的傾向，至今各宗雖傳戒法(一日即成)，但三壇大戒早已廢絕，寺院僧侶多娶妻生子，和傳統佛教的持戒嚴謹大有不同。